השפכים של ההתנחלות עפרה מחלחלים לאקוויפר ההר וגורמים לנזק חמור למי תהום. כך נטען בחוות דעת שהעבירו החברה להגנת הטבע ומומחה המים הפרופ' חיים גבירצמן מהאוניברסיטה העברית ליועץ המשפטי לממשלה. זאת, על פי הידיעה שפורסמה הבוקר (יום ב') בעיתון "הארץ".
זה כשנתיים ניטש סכסוך משפטי על מתקן טיהור השפכים בעפרה. מאחר שהשפכים באזור מחלחלים לאקוויפר מבלי לעבור כמעט סינון בשכבות הקרקע, הקים איגוד ערים לאיכות סביבה בשומרון את המתקן. לפני כארבעה חודשים עתרו ארגון יש דין ואנשי הכפר הפלסטיני עין יברוד לבג"ץ, בטענה שהמתקן הוקם ללא היתר על קרקע פלסטינית. המדינה הודיעה לבג"ץ שהיא בוחנת דרכים להכשרת המתקן, ובינתיים הוצא צו ביניים האוסר לחבר אותו לחשמל והוא אינו פועל.
"המצב הנוכחי בו השפכים הגולמיים מחלחלים אל מי התהום של אקוויפר ההר חמור ומסוכן", כתב גבירצמן, "יש לפעול בזריזות האפשרית לאסוף את השפכים". עוד ציין גבירצמן כי בורות הספיגה של תושבי עין יברוד מחלחלים לאקוויפר.
