גדודים של התנועה הלאומית של מדגסקר תקפה במפתיע ב-29 במרץ 1947 בסיסים של הכובשים הצרפתים, חמושים בחניתות בעיקר, הלוחמים המדגסקרים תקפו מטעים בבעלות צרפתית במזרח האי. ההתקוממות התפשטה למרכז האי, דרומו ולבירה, עפ"י ההערכות השתתפו בהתקוממות מיליון לוחמים ילידים.

בחודש מאי של אותה שנה, כוחות הכיבוש הצרפתי הדפו את הכוחות של הילידים, שילשו את מספר הכוחות הצרפתים באי ל18,000 חיילים, על ידי העברה של כוחות מקולוניות צרפתיות אחרות באפריקה. הכובשים הצרפתים שאפו לדכא פסיכולוגית וצבאית את המדגסקרים והחלו לנקוט בפעולות טרור נגדם ופתחו בהוצאות להורג המוניות, אונס שיטתי, שריפת כפרים על יושביו, עונשי מאסר וזריקת לוחמים מדגסקרים ממטוסים. מספר הקורבנות המדגסקרים נע בין 11,000 עד 100,000. תנועת ההתנגדות המדגסקרית הרגה 500 כובשים צרפתים ו-1,900 משתפי פעולה. עד 1948 מרבית ההנהגה של התנועה הלאומית המגדסקרית חוסלה על ידי הכובש הצרפתי ואחרוני המתנגדים חוסלו עד פברואר 1949.

חיסול ההתקוממות המדגסקרית נתן את אותתיו ויצר עשור ללא התנגדות בשנות ה50' עד להשגת עצמאות האי ב-1960. ב-2005 נשיא צרפת דאז ז'ק שיראק קבע כי הטבח במדגסקרים הוא בלתי מתקבל על הדעת, ממשלת מדגסקר הכריזה ב1967 על ה-29 במרץ כיום אבל לאומי וב-2012 נפתח מוזיאון לזכר הקורבנות