מרכז מוסאוא לזכויות האזרחים הערבים בישראל מאשים את משרד התרבות באפליית התרבות הערבית. לדברי המרכז, מניתוח של חלוקת תקציב התרבות עולה כי רק 8.7 מיליון שקלים מתקציב המשרד, שהם 2.2%, מגיע לארגוני התרבות הערבים. אם להוסיף לכך את התמיכה הניתנת לאמנים ערבים, התקציב לערבים – המהווים חמישית מאזרחי המדינה – הוא פחות מ-3% מהתקציב השנתי של המשרד העומד על יותר מ-540 מיליון שקלים.

חוק התקציב של משרד התרבות לשנת 2010, "מנציח את האפליה וקובע סכומים דומים ומפלים למוסדות התרבות הערבים". עו"ד נידאל עותמאן ממוסאוא, שפנה למשרדי התרבות והמשפטים, אמר כי "המשרד פועל בניגוד לעקרון השוויון ובניגוד להחלטותיו". לדבריו, "כבר ביולי 2006 ועדת התמיכות של המשרד הנחתה את מנהל התרבות 'לדאוג למיפוי הצרכים והפעולות במגזר הערבי, כבסיס לעבודת הוועדה' אך המיפוי לא נעשה". עותמאן הוסיף שגם מבקר המדינה ציין כי "אף שהנהלת המשרד ומנהל התרבות הכירו בצורך במיפוי ובניתוח של חלוקת התקציב בתחום התרבות הערבית, לא נעשה דבר בעניין".

מנכ"לית משרד התרבות אורלי פרומן דחתה את טענות מרכז מוסאוא ומסרה בתשובה לעו"ד עותמאן כי "המשרד הגדיל בשנת 2009 את תקציב התרבות הערבית ב-400 אלף שקלים. מבחני התמיכה בתרבות הערבית נועדו לענות על צרכי תרבות ייחודיים של המגזר הערבי וליהנות מהעדפה מתקנת". עוד טענה פרומן כי "מיפוי צורכי התרבות הערבית נעשה במסגרת עבודת מטה המשרד להכנת מבחני התמיכה החדשים למוסדות תרבות ערבית".