בתגובה על החלטת הפצ"ר על סגירת תיק החקירה, מסרו ארגוני זכויות האדם בישראל: "המהירות שבה סגר הפצ"ר את התיק מעוררת חשד, שהחקירה לא נועדה לבדוק ביסודיות את העובדות, אלא לפטור את הצבא מאחריות. גורמי החקירה התעלמו מחומרים רבים שנאספו מאז סיום המבצע אשר מציירים תמונה דומה לזו שעלתה מעדויות החיילים. הדבר רק מחזק את הצורך בהקמת גוף עצמאי שיחקור את כל פעולות הצבא במבצע 'עופרת יצוקה'".
ארגוני זכויות האדם בישראל שקראו להקמת מנגנון חקירה עצמאי הם: האגודה לזכויות האזרח בישראל, במקום, בצלם, גישה, המוקד להגנת הפרט, הוועד הציבורי נגד עינויים, יש דין, עדאלה ורופאים לזכויות אדם.
ח"כ עפו אגבאריה (חד"ש), הוסיף כי "מדובר בטיוח עדויות וראיות מזעזעות שלא ברור כיצד לא נחקרו עד תום". לדבריו, "בסופו של דבר לא יהיה מנוס מפניה לבית הדין הפלילי הבינלאומי בהאג, כדי לדון את פושעי המלחמה בקרב מפקדי צה"ל".
