ביותר ממחצית הרשויות המקומיות נהוגים בבתי הספר הציבוריים מסלולי לימוד ייחודיים בעלי מאפיינים פרטיים, הכוללים תשלומי הורים גבוהים מהרגיל, מיונים, וקבלת תלמידים מחוץ לאזורי הרישום של בית הספר. כך עולה מהמחקר שנערך באוניברסיטת תל אביב הוזמן לקראת ההשתלמות השנתית של מנהלי מחלקות החינוך בשלטון המקומי, אשר התקיים היום (ג') בירושלים תחת הכותרת "חינוך פרטי וחינוך ציבורי".

במסגרת הכנס ביקשו המארגנים לאמוד את היקף תופעת בתי הספר הייחודיים בישראל, ומאפייניה הבולטים. המחקר התבסס על מדגם מייצג של מנהלי מחלקות חינוך ב-67 עיריות ומועצות מקומיות ואזוריות בארץ – מתוך 254 רשויות השלטון המקומי בישראל.

על פי עורכי המחקר, בתי ספר ייחודיים הם כאלו המתמקדים בנושא לימוד מסוים (טבע, אומנויות וכדומה) או כאלו המושתתים על אידיאולוגיה או פדגוגיה ייחודית (דוגמת חינוך דמוקרטי או אנתרופוסופי). מהממצאים עולה כי בכמחצית מן הרשויות קיימים בתי ספר ייחודיים שבהם נגבים תשלומי הורים גבוהים מהרגיל, ומונהגים מיונים. בחלוקה למגזרים עולה כי 70% מבתי הספר הייחודיים משתייכים למגזר היהודי, 27% משתייכים לרשויות מעורבות (יהודים וערבים) ואילו 3% בלבד מצויים ברשויות ערביות.

רוב בתי הספר הייחודיים (כ-60%) הם ציבוריים, כלומר בבעלות המדינה והרשות המקומית, ומיעוטם בבעלות פרטית, של עמותות וחברות. נתון מפתיע נוסף העולה במחקר הוא שכ-85% מבתי הספר הייחודיים מצויים ברשויות שרמתן החברתית-כלכלית בינונית, והתופעה לא נפוצה רק ברשויות העשירות.