לאחרונה נחשפה בתקשורת פרשת מעצרה של העיתונאית ענת קם הנאשמת בין היתר בהעברת מסמכים חסויים לכתב "הארץ" אורי בלאו בעת ששירתה כפקידה בלשכת אלוף פיקוד המרכז. קם מוחזקת מאז חודש דצמבר 2009 במעצר בית בשל החשדות נגדה. חלק מהמסמכים שהעבירה קם לבלאו שימשו בסיס לכתבה שפורסמה בחודש נובמבר 2008, ואשר בה חשף בלאו שהצבא המשיך להתנקש פלסטינים בגדה המערבית שהוגדרו על ידו כמבוקשים תוך התעלמות מפסק הדין של בג"ץ בעניין זה.

בעקבות הפרשה מסר דובר "בצלם" כי במהלך האינתיפאדה השנייה אימצה ישראל באופן רשמי מדיניות של התנקשויות בפלסטינים החשודים על-ידה כפעילים בארגונים הפלסטיניים המזוינים הנאבקים בה. גורמים בינלאומיים וארגונים לזכויות האדם מתחו ביקורת נוקבת על מדיניות זו ובשנת 2002 הגיש הוועד הציבורי נגד עינויים בישראל עתירה לבג"ץ בדרישה כי הצבא יפסיק ליישם אותה.

למעלה מארבע שנים לאחר מכן, בדצמבר 2006, ניתן פסק הדין של בג"ץ. השופטים אמנם קבעו שהמדיניות היא חוקית, אך הטילו הגבלות על יישומה. בין השאר, קבעו השופטים כי בגדה המערבית, מקום שבו יש לכוחות הצבא הישראלי שליטה מלאה בשטח, יש להעדיף את מעצרו של אדם על-פני הריגתו. פעולת ההתנקשות המוצהרת האחרונה שביצע הצבא בגדה המערבית הייתה בחודש אוגוסט 2006.

מתחקירי "בצלם" במהלך השנים עולה כי במקביל להתנקשויות המוצהרות נקט הצבא גם במדיניות של הרג מכוון במסווה של "מבצעי מעצר", וכי הצבא המשיך לנקוט במדיניות זו גם לאחר פסיקת בג"ץ. הכתבה שפרסם בלאו איששה את החשדות שעלו מתחקירי בצלם. המסמכים שפורסמו בכתבה העידו לכאורה על-כך שקצינים בכירים אישרו בכתב ומראש את הריגתם של פלסטינים שהוגדרו על-ידם כמבוקשים וכן את הריגתם של אזרחים לא מעורבים אשר עלולים להימצא בחברת המבוקשים או בסמיכות אליהם. לאחר שפעולות אלו בוצעו, פרסם דובר צה"ל הודעות לפיהן הירי בוצע לאחר שלחיילים נשקפה סכנת חיים.

למרות הדברים החמורים שנחשפו בכתבתו של בלאו, אף אחד מהמעורבים לא נחקר והקצינים הבכירים המעורבים במתן ההוראות הבלתי-חוקיות נותרו בתפקידם. יתרה מזאת, בהודעת דובר צה"ל נאמר כי  היועץ המשפטי לממשלה לשעבר, מני מזוז, "לא מצא כל בסיס לטענה כי כוחות צה"ל פעלו בניגוד לחוק או בניגוד לפסיקת בג"ץ" באירועים שהוזכרו בכתבה. קביעה זו תמוהה מאוד נוכח העובדה שמכתבתו של בלאו עולה לכל הפחות חשד מבוסס שניתנו הוראות בלתי-חוקיות לביצוע הרג גם ללא מצב של סכנת חיים וכאשר ניתן לעצור את החשודים. הרשויות התעלמו מחומרת  הדברים שנחשפו ובחרו למקד את טיפולן במעשיה של קם בלבד.

תחקירי "בצלם" לגבי פעולות של הצבא בגדה המערבית לאחר פרסום הכתבה מלמדות שהצבא ממשיך ככל הנראה לנקוט במדיניות ההתנקשויות במסווה של מבצעי מעצר, בין היתר במקרים הבאים:

שכם, 26.12.09: חיילים הרגו לפנות בוקר את ר'סאן אבו שרח', נאדר א-סרכג'י וענאן סובוח בעת שהיו כל אחד בביתו בעיר העתיקה של שכם. דובר צה"ל טען כי השלושה סירבו להסגיר את עצמם וכי החיילים ירו לאחר שחשו כי נשקפה להם סכנת חיים. אולם, מתחקיר בצלם עולה חשד כי החיילים לא ניסו כלל לעצור את אבו שרח' וא-סרכג'י לפני שירו בהם למוות. ארגון בצלם פנה לפרקליטות הצבאית לעניינים מבצעיים בבקשה כי תורה על פתיחתה של חקירת מצ"ח לבדיקת נסיבות האירוע, עד כה לא התקבל כל מענה לפנייה. (למידע נוסף)

ג'נין, ב-15.12.08: בסביבות השעה 23:00 בלילה הרג כוח של חיילים ומסתערבים את ג'יהאד נוואהדה באל-יאמון שבמחוז ג'נין. לטענת דובר צה"ל נוואהדה ניסה לברוח והכוח, שהיה בפעילות למעצר מבוקשים, ירה לעבר פלג גופו התחתון, זיהה פגיעה ופינה אותו לבית חולים, אלא שהוא מת מפצעיו בדרך לשם. אולם מעדות שגבה בצלם [האם אנחנו סגורים על הסיפור לפי עדות אחת?], נוואהדה יצא ברגל מבית קפה שבו ישב קודם לכן, ולאחר כמה דקות נורה בגבו מתוך מכונית שעצרה לידו בפתאומיות בעת שהלך ברחוב, אף שלא היה חמוש ולא נשקפה ממנו סכנה כלשהי. בצלם פנה לפרקליטות הצבאית לעניינים מבצעיים בדרישה כי תורה לפתוח בחקירת מצ"ח לבדיקת נסיבות האירוע, אולם עד כה התקבלה רק תשובה ראשונית ועל פיה הפנייה הועברה לבדיקת גורמי הצבא הרלוונטיים.

בית לחם, ב-12.3.08: בסביבות השעה 18:00 בערב הרג כוח משותף של צה"ל, מג"ב ושב"כ את מוחמד שחאדה, אחמד בלבול, עמאד אל-כאמל, ועיסא מרזוק זוואהרה בעת שנסעו יחד במכונית במרכז העיר בית לחם. לפי הודעת דובר צה"ל נהרגו הארבעה במהלך פעילות למעצר מבוקשים לאחר שכוחות הביטחון זיהו כי היו חמושים. אולם, מעדויות שגבה בצלם עולה כי לא נעשה כל ניסיון לעצרם או לירות בהם כדי לשתקם בלבד, וכי הירי לעבר המכונית היה מאסיבי ביותר. כמו כן, עולה מהעדויות  כי כשנהג המכונית, עמאד אל-כאמל, יצא מתוכה כשאינו חמוש, החיילים ירו כדור בודד ברגלו, ולאחר שנפל ארצה פתחו לעברו בירי אוטומטי. כמו כן עולה מהעדויות חשד כבד לוידוא הריגה.  בצלם פנה לפרקליט הצבאי הראשי וליועץ המשפטי לממשלה בדרישה כי יורו לפתוח בחקירת מצ"ח לבדיקת נסיבות האירוע. ב-22.9.09 הודיעה לבצלם הפרקליטות הצבאית לעניינים מבצעיים כי בהוראת הפצ"ר הועברה הפנייה לטיפול המשנה לפרקליט המדינה לעניינים פליליים ומאז לא התקבל עדכון נוסף בעניין. (למידע נוסף)