מנתונים רשמיים של משרד האוצר, אשר פורסמו לפני המלחמה בעזה ("הארץ", 9.6), עולה כי תקציב השב"כ והמוסד עולה בהדרגה מדי שנה. בשנת 2012 הוא עמד על 6.179 מיליארד שקלים, בשנת 2013 הוא עלה ל-6.63 מיליארד (גידול של 6% לעומת השנה הקודמת), ואילו בשנה זו תקציבו עלה עוד ל-7.07 מיליארד שקלים (גידול של 7% לעומת השנה הקודמת).
ישנו קושי לערוך בקרה על התקציבים של שני שירותים חשאיים אלה, שכן הם זוכים בתקציב בהליך ייחודי בוועדת הכספים של הכנסת, הכולל העברת כספים מהרזרבה הכללית לתקציב משרד הביטחון. זאת, על אף ששני הגופים אינם כפופים למשרד הביטחון, אלא למשרד ראש הממשלה.
(בתמונה: הכור הגרעיני בדימונה)
סעיף תקציבי נוסף שנהנה מגידול משמעותי בשנים האחרונות, הוא "תקציב האמצעים המיוחדים", כלומר – התקציבים עבור פיתוח, תחזוקה ורכישה של כלי נשק להשמדה המונית. בשנת 2014 עמד תקציב זה על 4.5 מיליארד שקלים, ואילו בשנה הבאה הוא עתיד לגדול ל-5.1 מיליארד שקלים – גידול של כ-13%. לדברי חוקר הגרעין ד"ר אבנר כהן, השיעור מתוך תקציב הביטחון שמשקיעה ישראל ב-"אמצעים המיוחדים שלה" גדול משמעותית מזה שמשקיעות בריטניה וארה"ב במערך הגרעיני שלהן ("הארץ", 6.6).