דוברת הארגון הבינלאומי "משמר זכויות האדם" מסרה כי צה"ל פוגע קשות במחייתם של תושבי כפר פלסטיני בגדה המערבית שהוא מתכנן להפוך לאתר תיירות ארכיאולוגי. "על הצבא לזנוח את התכנית ולהסיר את ההגבלות המופרזות המונעות מהתושבים לבנות על אדמתם או לעבד אותה ופוגעות בחופש התנועה שלהם", נאמר. לדברי תושבים בכפר נבי סמואל, הצבא הישראלי הרס לפני כמה עשורים מבנים רבים ביישובם, השוכן במרחק של כמה קילומטרים מצפון–מערב לירושלים, בלי להודיע להם מראש או לספק הסבר לכך. בשנת 1995 הכריז הצבא על האזור כגן לאומי, ונתלה בנימוק זה כדי לשלול מהתושבים את הזכות לבנות, לשקם מבנים, לנהל עסקים ולנטוע עצים. מאז שנת 2007, מכשול ההפרדה הישראלי מנתק את הכפר משאר הגדה המערבית, והרשויות הישראליות אינן מתירות לרוב תושביו להיכנס לשטח ישראל או לעבוד בו. ביוני 2013 הכריזה ישראל על תכניות להקמת אתר תיירות ארכיאולוגי בכפר. הרשויות הישראליות לא התייעצו עם התושבים לגבי אף אחת מהתכניות.
שרה לאה ויטסון, מנהלת חטיבת המזרח התיכון וצפון אפריקה בארגון הגישה ש"הצבא הישראלי חונק את נבי סמואל כבר שנים, והפיכת החלק של הכפר שהצבא הרס לאטרקציה תיירותית היא מעשה אכזרי. על הצבא לדאוג לכך שתושבי נבי סמואל יוכלו לחזור למקום ולבנות, ולא להנציח את עקירתם".
מאז חודש דצמבר, תושבים בכפר מקיימים פעולות מחאה שבועיות נגד הפיכת האתר הארכיאולוגי לאטרקציה תיירותית. תכניות שהזמינה חטיבת המִנהל האזרחי של הצבא הישראלי כוללות סלילה של כביש גישה והקמת חניון, בניינים ומבנים אחרים עבור מבקרים באתר הארכיאולוגי. לדברי תושבים ופעילים לזכויות האדם, גורם ישראלי רשמי המנהל את החפירות אמר לתושבים ב-27 בדצמבר כי שום אדם שמשתתף בפעולות המחאה לא יכול לעבוד באתר. צה"ל כבש את הכפר נבי סמואל ("שמואל הנביא") בשנת 1967. תושבים בכפר סיפרו לארגון כי עם כיבושו ברחו ממנו שבע משפחות. על–פי המִפְקָד הצבאי שנערך בשנת 1967, נותרו בכפר לאחר מכן 66 תושבים. לדברי תושבים, בשנת 1971 הצבא הרס באמצעות דחפורים כשלושים מבנים במרכז הכפר, בסמוך למסגד, וזהו האזור שהצבא מתכנן כעת להפוך לאתר תיירות.
כיוון שמאז 1971 הצבא אוסר על שיקום הבתים שנהרסו ועל בניית בתי מגורים חדשים, התושבים הנותרים עברו לבתים ולמבנים שננטשו על–ידי תושביהם בשנת 1967, לרבות מבנה ששימש כדיר, הנמצא במרחק של כמה מאות מטר מהמסגד. לדברי תושבים, הצבא הרס כמה מבנים ששוקמו, ככל הנראה כיוון שהדבר נעשה ללא היתרים צבאיים. בשנת 1995 הגדיר הצבא שטח של 3,500 דונם המקיף את הכפר כולו ואת סביבתו כ"גן לאומי נבי סמואל". תכנית הגן הלאומי אוסרת למעשה על בנייה חדשה של מבנים ועל הנחת תשתית. הרשויות הישראליות לא סיפקו הצדקה כלשהי המבוססת על צורך צבאי או על הגנה על התושבים למניעת הבנייה או החזרה לשטח שממנו נעקרו. על–פי המשפט הבינלאומי, אלה הן הסיבות היחידות המתירות להעביר בכפייה תושבי שטח כבוש מבתיהם, וגם זאת באופן זמני.
תכנית הגן הלאומי מגדירה את השטח שסביב המסגד של הכפר – לרבות חורבות הבתים ויתר המבנים שהצבא הרס בשנת 1971 – כאתר ארכיאולוגי, ורשות הטבע והגנים של ישראל החלה לחפור באתר בשנות התשעים, בחסות משרד קצין המטה לארכיאולוגיה של המנהל האזרחי. הארגון הישראלי "עמק שווה", המתמקד בארכיאולוגיה, דיווח בשנת 2013 כי המסורות "היהודית, המוסלמית והנוצרית [מזהות] כאן את קברו של שמואל הנביא" וכי אזור המסגד של הכפר היה במקור אתר קדוש לנצרות מהתקופה הביזנטית. כיום מתקיימות תפילות יהודיות בקומת המרתף של המסגד ותפילות מוסלמיות בקומת הכניסה. ארגון "עמק שווה" הגיש התנגדות לתכנית בטענה שהפיכתו של כפר פלסטיני שנהרס לאתר ארכיאולוגי היא מעשה פסול. הארגון טען במהלך דיון תכנוני שקיים הצבא בחודש נובמבר כי התכנית לבנות מעלית לתיירים בחלקו החיצוני של המסגד עלולה להזיק לאתר.
תוואי גדר ההפרדה חודר לעומק הגדה המערבית, ומותיר בין המכשול לבין שטח ישראל כפרים פלסטינים המונים כ-11 אלף תושבים. הצבא הגדיר שטח זה כ"מרחב התפר". כפי שקורה בכפרים אחרים באזורי "מרחב התפר", גם בנבי סמואל הצבא מתיר רק לפלסטינים שאותם רשם כתושבי קבע בכפר לעבור במחסום לשאר חלקי הגדה המערבית, ומטיל הגבלות חמורות על הסחורות שהם רשאים להביא עמם ליישובם. באחד המקרים עיכבו הכוחות במחסום אוטובוס תלמידים במשך שעות כיוון שאחת התלמידות ניסתה להביא אתה לכפר שק של לחם ללא היתר מראש.
המחסום והגבלות ישראליות אחרות על תנועת התושבים, כגון חסימות המונעות את המעבר לכפרים אחרים, מקשים על 250 תושבי הכפר לנסוע ולעבוד בשאר הגדה המערבית וגוזלים זמן רב. בה בעת, ישראל רואה ברוב אנשי הכפר תושבים פלסטינים של הגדה המערבית, ואוסרת עליהם להיכנס לשטח ישראל ולעבוד בה ללא היתרים צבאיים מיוחדים. הצבא סיכל את ניסיונות התושבים לייצר הכנסה באמצעות הקמת עסקים קטנים, לרבות ניסיונות משלהם למשוך תיירים לאתר ההיסטורי. בחודש ספטמבר החרים הצבא מתקן לשטיפת מכוניות שהוקם בחודש יוני על ידי אחד התושבים, מאחר שלא היה בידו היתר בניה. התושב אמר כי השטח שעליו הוקם המתקן נמצא בבעלותו.
יצוין שישראל אשררה את אמנת האג להגנה על נכסי תרבות בעת עימות מזוין משנת 1954, ופלסטין הצטרפה כצד לאמנה זו. האמנה מחייבת את הכוח הכובש לתמוך ברשויות הלאומיות המוסמכות של הארץ הנכבשת בהגנה על נכסי התרבות שלה ובשימורם ככל הניתן. ישראל אינה מאפשרת לרשויות הפלסטיניות גישה לנבי סמואל, לסוסיא, לח'רבת זנותה או לסילוואן.
אמנת ג'נבה הרביעית משנת 1949 אוסרת על ישראל, ככוח כובש, להקשות על חיי התושבים בשטח הכבוש במידה המאלצת אותם למעשה לנטוש את קהילותיהם. הפרה מכוונת של האיסור על "העברה בכפייה" היא הפרה חמורה של אמנות ג'נבה, וניתן להעמיד בגינה לדין כפשע מלחמה. לדברי ויטסון, "הרשויות הישראליות לא רק מדירות את הפלסטינים מכל חלק בניהול המורשת התרבותית שלהם, אלא גם עושות שימוש מעוות בארכיאולוגיה והופכות אותה לכלי לסילוק פלסטינים מיישוביהם".