בוש עודד מפורשות את השימוש בהטבעה במים, ושאר שיטות עינויים שנועדו לחקירת חשודים בהשתייכות לאל-קאעידה. כך עולה ממזכרים חשאיים שנשלחו על ידי סוכנות הביון המרכזית (CIA) בשנים 2003 ו-2004, ונחשפו הבוקר (יום ד') בעיתון "וושינגטון פוסט". על כך מוסרת סוכנות הידיעות הקובנית "פרנסה לטינה".
המזכרים, שלא פורסמו עד היום, הוזמנו על-ידי מנהל ה-CIA, ג'ורג' טנט, מעל לשנה לאחר שהחלו החקירות הסודיות בהן עוני החשודים. דובר מטעם הבית הלבן סירב להגיב על הדיווח.לפי הדיווח, בכירי קהילת המודיעין ביקשו את תמיכת הבית הלבן, משום שחששו מההשלכות הצפויות במקרה שפרטי תוכנית החקירה יתפרסמו.
בכירים בסוכנות הביון אמרו לכתב העיתון כי טנט לחץ על הבית הלבן להעביר לידיו אישור כתוב כבר ביוני 2003, במהלך מפגש עם חברים במועצה לביטחון לאומי. ימים ספורים לאחר מכן, טנט קיבל לידיו מזכר המכיל את אישור הממשל לשיטות החקירה הכוללים עינויים. שנה לאחר מכן, ביוני 2004, טנט ביקש אישור מחודש. זאת, לאחר הסערה הציבורית בנוגע לנעשה בכלא אבו-גרייב שבפאתי בגדד. בכירים בסוכנות דיווחו כי המזכר המבוקש התקבל, אך לא מסרו את תוכנו המדויק.
