ארגון הגננות והמחנכות טוען כי משרד החינוך פועל באמצעות בכיריו לשם חיסול פעילותו באופן מתמשך ושיטתי, וכי לצורך כך מתקיים שיתוף פעולה ענף בין משרד החינוך לבין הסתדרות המורים, המניב שורה של פעולות מחתרתיות וגלויות לצורך פגיעה בארגון ובמוסדותיו. הטענה מועלית במסגרת פניית הארגון לבית הדין האזורי לעבודה בתל אביב למתן צו זמני להורות למשרד החינוך לחדול ממעשי ההתנכלות נגד מייסדות הארגון, דורית חזן, יו"ר הארגון ואורנה הדר, חברותיו ופעילותיו. בנוסף מתבקש בית הדין להורות למשרד החינוך להימנע מכל פעולה המתערבת בהתארגנות החדשה, המנסה לסכל את ההתארגנות, להשפיע על ציבור הגננות ולהרתיען מלהצטרף אל הארגון.
לדברי הארגון, ציבור הגננות, המונה כ-14,000 גננות, קופח במסגרת ההסכמים הקיבוציים עליהם חתמה הסתדרות המורים עם משרד החינוך, והסתדרות המורים התייחסה אל ציבור זה כאל מיעוט זניח שזכויותיו והאינטרסים המיוחדים לו אינם ראויים לטיפול ו/או אינם מצדיקים מאבק מיוחד. הארגון מציין כי בנסיבות בהן חל קיפוח מתמשך בייצוגן של הגננות, החליטו הגננות להקים ארגון שייצג אותן נאמנה ויגן על האינטרסים שלהן. בפנייה לבית הדין נאמר, כי מדובר בהתארגנות ראשונית הפועלת לגייס לשורותיה חברות וחברים רבים במטרה לחתום בסופו של דבר על הסכם קיבוצי נפרד לאוכלוסיית הגננות בישראל.
אולם, הקמתו של הארגון ופעילותו הענפה איננה מקובלת על משרד החינוך, ועל כן הוא פועל במאמץ רב למנוע מהארגון להרחיב את פעילותו. זאת על–ידי נקיטה בשורה של מעשי התנכלות, ביניהם מניעת כניסתן והשתתפותן של נציגות הארגון בכנסים ארציים של משרד החינוך, ניסיון להשתקת קולו של הארגון, בין היתר על–ידי ראיונות בתקשורת, הוצאת מסרים המבטאים עמדה השוללת את זכות קיומו של הארגון, ומניעת הזכות להתבטא ולפעול בנושאים הרלוונטיים לציבור הגננות בישראל.