ועדת האו"ם לזכויות האדם הציגה לישראל 30 שאלות קשות, המתייחסות למילוי מחויבויותיה של המדינה לאמנה הבינלאומית לזכויות אזרחיות ופוליטיות (ICCPR). רשימת השאלות של הוועדה לישראל מתייחסת לטווח רחב של סוגיות, הנוגעות למצב זכויות האדם בישראל ובשטחים הכבושים. 14 מהשאלות שנכללות ברשימה מתייחסות ישירות להפרות של זכויות האדם שעליהן הושם דגש בדו"ח ארגונים לא ממשלתיים שהוגש לוועדה על ידי עדאלה, מרכז אל-מיזאן לזכויות האדם (עזה) ורופאים לזכויות אדם – ישראל ב-10 באוגוסט 2009. בדו"ח פירטו שלושת ארגוני זכויות האדם נקודות שבהן ישראל אינה מצייתת לסעיפי האמנה בתחומים הנוגעים לאסירים ולעצירים פלסטינים וכן לזכויותיהם של אזרחים פלסטינים תושבי השטחים.

ישראל חתומה על אמנת ICCPR, שאותה אישררה ב-1991. לפיכך היא מחויבת מבחינה משפטית לקיים את סעיפי האמנה. הוועדה תסקור את תשובותיה של ישראל לשאלות שהוגשו לה בכינוס שתקיים בז'נבה ביולי 2010. בין השאלות שהציגה הוועדה לישראל:

אסירים ועצירים

האיסור על עינויים וחקירות של טענות לעינויים וליחס לא הולם
הוועדה שאלה אם ישראל תטמיע במלואו את האיסור על עינויים ועל יחס או ענישה אכזריים, לא אנושיים או משפילים בחוקיה (סעיף 13) ואם החריג של "צורכי ביטחון" עשוי עדיין לעלות במקרים שבהם נעשה שימוש בלחץ פיסי בחקירות של חשודים בטרור ("פצצות מתקתקות") (סעיף 14).

הוועדה שאלה גם, אם תלונות על עינויים ועל יחס אכזרי, לא אנושי או משפיל נגד חוקרים של "פצצות מתקתקות" הועברו לפרקליטות המדינה לצורך הגשת כתבי אישום פליליים. הוועדה ביקשה מידע מפורט על מספר התלונות שהוגשו ועל תוצאותיהן ועל מספר החשודים שנחשבו "פצצות מתקתקות" (סעיף 14). היא גם ביקשה מישראל לפרט אילו אמצעים ננקטים כדי להבטיח שחוקרי זרועות הביטחון אינם משתמשים בעינויים ואינם מתייחסים לחשודים באופן לא הולם (סעיף 15).

תיעוד חקירות של חשודים בעבירות ביטחונית
הוועדה שאלה אילו אמצעים ננקטים כדי למנוע שימוש בעינויים ויחס לא הולם בחקירות של חשודים בעבירות ביטחוניות וכן למנוע גביית הודאות שווא (סעיף 13).

חוק כליאתם של לוחמים בלתי חוקיים, התשס"ב-2002
הוועדה ביקשה נתונים, לפי מין, גיל, לאום ומוצא אתני, על אנשים הכלואים כ"לוחמים בלתי חוקיים" מ-2003, אם וכאשר ישראל עשויה לבטל את חוק כליאתם של לוחמים בלתי חוקיים, התשס"ב-2002, לפי המלצתם של מומחים בינלאומיים לזכויות אדם (סעיף 8).

מעצר מינהלי
הוועדה שאלה על השימוש התדיר במעצר מינהלי, בעיקר נגד פלסטינים בשטחים הכבושים, ותבעה לקבל מידע מפורט על ההוראות והתקנות המסדירות אותו, הן בישראל והן בשטחים, ובכלל זה השימוש בראיות חסויות (סעיף 16).

מעצר ממושך ללא פגישה עם עורך דין
לפי סעיף 3 של חוק סדר הדין הפלילי (עצור החשוד בעבירת ביטחון) (הוראת שעה), התשס"ו-2006, אפשר למנוע מעצור כזה פגישה עם עורך דין עד 21 יום. אפשר גם להחזיק חשוד כזה במעצר עד 96 שעות לפני שהוא מובא לפני שופט. אנא ציינו, ביקשה הוועדה, אילו אמצעים נוקטת ישראל כדי להתאים את החוק לאמנה ולהמלצות קודמות של הוועדה, המתייחסות למתן גישה לעצורים אלה לעורך דין ולשופט (סעיף 17).

כליאה בבידוד
אנא ספקו מידע מפורט על התנאים בכליאה בבידוד ונתונים על בני אדם הכלואים בבידוד ועל הנימוקים למעצרם ולכליאם בבידוד (סעיף 17).

מעצר בבידוד
הוועדה ביקשה מידע על האמצעים שננקטים כדי להבטיח שאנשים המוחזקים במעצר ממשוך בבידוד אינם נתונים לעינויים (סעיף 17).

ביקורי משפחות אצל אסירים פלסטינים הכלואים בישראל
אילו צעדים נוקטת ישראל, שאלה הוועדה, כדי להשיב על כנה את האפשרות של ביקורי משפחות אצל אסירים פלסטינים מעזה? (סעיף 27).

אזרחים פלסטינים מהשטחים הכבושים

הריסת בתים כאמצעי ענישה
הוועדה ביקשה לקבל נתונים על הריסות בתים מאז 2003 ועל הנימוקים להריסת בתים. במיוחד ביקשה להתייחס ללא-ערבים שהם אזרחי ישראל בגדה המערבית ובמזרח ירושלים. היא גם ביקשה מידע על מדיניות הריסת הבתים של ישראל; מצב הדיור הנוכחי של תושבים ובעלי בתים שבתיהם נהרסו ושל אנשים שפונו מבתיהם בכוח; ואם ישראל צופה שבעתיד תוקם ועדה עצמאית כדי לשלם לקורבנות פיצויים. היא גם ביקשה לקבל נתונים משווים על מספר היתרי הבנייה שניתנו לפלסטינים בגדה המערבית ובמזרח ירושלים (סעיף 4).

מצב חירום
הוועדה ביקשה לקבל מידע על האמצעים שנקטה ישראל כדי להבטיח שההגדרות של חשודים בטרור ובעבירות ביטחון יהיה מדויקות ומוגבלות לצורכי שמירה על הביטחון הלאומי (סעיף 8). היא גם ביקשה מידע על התקדמות הליכי החקיקה לסיום מצב החירום בישראל ולוח זמנים להשלמתם (סעיף 9).

חיסולים ללא משפט
הוועדה ביקשה מידע על מספר "החיסולים הממוקדים" שבוצעו מאז 2003; האם הוגשו תלונות כלשהן בעקבות פסיקת בג"ץ מדצמבר 2006, שבה נקבעו הגבלות וסייגים לפעולות כאלה; תוצאות התלונות האלה (סעיף 10).

מגינים אנושיים
אנא ספקו לנו מידע, ביקשה הוועדה, על האשמות בדבר השימוש שעשה הצבא הישראלי באזרחים פלסטינים כמגינים אנושיים במבצע עופרת יצוקה בעזה (סעיף 11).

הגבלות על חופש התנועה בעזה
הוועדה ביקשה מידע על אספקת מזון, אמצעים רפואיים וגישה למים לתושבי עזה מאז מבצע עופרת יצוקה (סעיף 12).

מניעת גישה לטיפול רפואי בעזה
אנא התייחסו, העירה הוועדה, לטענות בנוגע לסירוב של הצבא הישראלי לאפשר פינוי פצועים ולאפשר גישה לאמבולנסים במבצע עופרת יצוקה (סעיף 11).

הוועדה ביקשה מידע על יציאה של אנשים מעזה ועל מתן אישורים לחולים מעזה לחפש טיפול בחו"ל. יתרה מזו, היא ביקשה התייחסות לשאלה אם נשללה יציאתם של חולים, כולל אלה שמצבם הרפואי חמור, מ"סיבות ביטחוניות" (סעיף 19).
 
עיכוב חולים מעזה במעבר ארז
לפחות ב-35 מקרים מאז יולי 2007, העירה הוועדה, השב"כ עיכב לחקירה חולים מעזה שהגיעו למעבר ארז. החולים התבקשו לספק מידע על קרובים ומלווים, כתנאי לקבלת אישור יציאה מעזה. לפי עדויות של חולים, הם לא קיבלו אישור לצאת מעזה לקבלת טיפול רפואי אם סירבו לספק את המידע שדרש השב"כ או לא יכלו לעשות זאת. הוועדה שאלה אם טענות אלה נחקרו ומה היו תוצאות החקירות.

כל הדו"חות של ארגונים לא ממשלתיים, מדינות החתומות על האמנה והוועדה, ובהם הדו"ח  המשותף של עדאלה, אל-מיזאן ורופאים לזכויות אדם – ישראל זמינים באתר האינטרנט: http://www2.ohchr.org/english/bodies/hrc/hrcs99.htm