יום לאחר שהתפרסמה החטיפה, כתב גדעון לוי ב"הארץ" טור שנשא את הכותרת השנויה במחלוקת "החטיפה הוזמנה על ידי ישראל", בו קבע כי החטיפה שירתה את הממשלה. ואכן, החטיפה טרפה את הקלפים מבחינה מדינית, והורידה מסדר היום נושאים שלא היו נוחים לנתניהו.

לאחר הקמת ממשלת ההסכמה הפלסטינית, חזר נתניהו וקרא לפת"ח לפרק את השותפות הפוליטית עם חמאס, ונאחז בהקמת ממשלה זו כתירוץ לסרב לנהל משא-ומתן עם אש"ף. אולם עמדה זו הייתה מבודדת בעולם, שכן לא רק רוסיה וסין הכירו בממשלה הפלסטינית החדשה, אלא גם האיחוד האירופי וארה"ב. החטיפה איפשרה לנתניהו לטעון – מבלי להציג הוכחה ממשית לכך – כי החמאס הוא שאחראי, ולקבוע כי "אבו-מאזן צריך לבחור בין שלום עם ישראל לבין ברית עם החמאס". נוכח האווירה הבינלאומית שנוצרה בעקבות החטיפה, הלחץ על נתניהו להכיר בממשלת ההסכמה הפלסטינית פחת משמעותית.

נוסף על כך, החטיפה והמבצע הצבאי שיזמה הממשלה בשטחים הכבושים הובילו גם להסרת שאלת האסירים הפלסטינים מסדר היום. שביתת הרעב המתמשכת של העצירים המינהליים עוררה לחץ במסדרונות הממשלה, שם ביקשו לקדם במהירות הצעת חוק להזנה בכפייה של שובתי רעב. אולם השביתה, שנמשכה כחודשיים, נדחקה לשולי החדשות בעקבות החטיפה וההסלמה שבאה בעקבותיה. מזכ"ל האו"ם, באן קי-מון, אשר קרא בתחילת יוני לשחרר את העצירים המינהליים, עבר לעסוק – בעקבות החטיפה – בגינוי המעשה, וקרא לשחרור החטופים.

כתוצאה מנסיבות אלה, הסתיימה שביתת הרעב בהסכם בין האסירים לבין שירות בתי הסוהר. פרטי ההסכם חסויים, אולם ממה שידוע – נראה שאין הוא כולל הישגים משמעותיים. בפרט, לא סוכם כי ישוחררו עצירים מינהליים, וזאת בשונה משביתות רעב ממושכות קודמות (חאדר עדנאן ששבת רעב ארבעה חודשים, ושוחרר באפריל 2012, וסאמר עיסאווי ששבת רעב כחצי שנה, ושוחרר בדצמבר 2013).

א"ו