שמונה חודשים לתחילת פעילות הקו המהיר לירושלים ובמשרד התחבורה והרכבת מתקשים לומר מה תהיה תדירות הקו. הבטחות משרד התחבורה היו ארבע רכבות לכל כיוון בשעה בשעות העומס, ואילו בסיור שערכה רכבת ישראל לחברי כנסת נקבו במחצית – רק שתי רכבות לכל כיוון בשעה. במשרד התחבורה וברכבת מסרבים להתייחס. כך נמסר באתר "וויינט".
בחודש אוקטובר 2014 פרסם משרד התחבורה הודעה לציבור בכותרת "נפרצה המנהרה האחרונה במסגרת פרויקט קו הרכבת המהיר לירושלים". בגוף ההודעה הובטח: "בשנה הראשונה לפעילותה, תפעיל הרכבת בין תל אביב לירושלים ארבע רכבות בשעה לכל כיוון, בשעות השיא, ותבצע כ-4 מיליון נסיעות בשנה".
חרף ההבטחות, בסיור שנערך החודש לחברי ועדת המשנה לתחבורה ציבורית בראשות ח"כ דב חנין (חד"ש – הרשימה המשותפת) – נציגי הרכבת אמרו כי התדירות תעמוד רק על שתי רכבות בשעה בשעות העומס. המשמעות היא שתצא רכבת אחת בכל חצי שעה בקו הדגל של הפרויקט הענק, שמטרתו להסב את הרכבת להנעה באמצעות חשמל – באיחור של עשרות שנים אחרי המדינות המפותחות.
על אף ששר התחבורה והבטיחות בדרכים ישראל כץ הבטיח שהרכבת תחל לנוע כבר במארס 2018, בעוד כשמונה חודשים, במשרד התחבורה טענו כי "תדירות קווי הרכבת תיקבע בקרוב". במשרד התחבורה סירבו להגיב על העובדה כי המשרד קבע את התדירות כבר בשנת 2014 ועל השאלה אם היא תשתנה והפנו לרכבת ישראל. "אנו עוסקים כעת בהשלמת התשתית והמערכות", אמרו ברכבת.
ח"כ חנין אישר את הדברים ואמר: "בכוונתי לפנות למנכ"ל הרכבת בנושא כדי שמספר הרכבות בין ירושלים ותל אביב בשעות העומס יוכפל לארבע בשעה. הרכבת הזו תחבר את שני המטרופולינים הגדולים והחשובים בארץ, והיא יכולה לייצר מהפכה של תחבורה ציבורית רק בתנאי שיהיו בה מקומות לאנשים לנסוע. כבר היום האוטובוסים בין שתי הערים שיוצאים בזה אחר זה תמיד מלאים, ואין שום סיבה להניח שהרכבת, שתיסע מהר יותר, לא תהיה מלאה יותר".
